Les tortues ninja continuent de jouer aux justiciers en demeurant dans l'ombre. Lors d'un match de basket-ball, elles reçoivent un appel de leur amie April. La journaliste enquête sur le scientifique Baxter qui serait sur le point de faire évader le diabolique Shredder. Leonardo, Raphael, Michelangelo et Donatello tentent sans succès de l'en empêcher. Libre comme l'air, leur ennemi juré projette de réunir des pierres qui lui permettront de construire un portail vers l'autre monde. Il possède déjà un virus qui transforme des humains en bêtes sauvages et ses pouvoirs semblent illimités. |