Depuis que le Cobra Commander et Destro ont été emprisonnés, les G.I. Joe travaillent dans l'ombre à rétablir l'ordre sur l'échiquier mondial. Ils ignorent cependant qu'un espion de Cobra s'est infiltré à la Maison-Blanche et agit à la place du Président. Lorsque l'unité de Duke et de Roadblock est décimée, les survivants s'unissent afin de stopper la menace nucléaire qui s'abat sur le monde. Pour les aider, l'ancien général Joe Colton, fondateur des G.I. Joe, reprend du service, pendant que Snake Eyes mène de son côté une enquête afin de déterminer les responsables de l'évasion des prisonniers. |