En compagnie de sa tante Diane, le jeune Hector passe une année dans la jungle palombienne pour y étudier la nature. Très vite, il se lie d’amitié avec le légendaire Marsupilami et sa famille, Mme Marsu et ses trois petits. Mais la jungle est menacée par Félicia Devort, une industrielle sans pitié bien décidée à raser complètement la Palombie pour y construire une mégalopole à laquelle elle donnera son nom. Hector, le Marsu et leurs amis doivent contrer Félicia et ses sbires Stroy et Blouprint pour éviter un désastre écologique qui entraînerait l’extinction des Marsupilamis.
